水质污染按污染物类型可分为物理性污染、生物性污染和化学性污染三类。
1.物理性污染
物理性污染是指水中含有的非溶解性的固体悬浮物，如黏土、泥沙之类，例如黄河水就是因黄土被冲入水中而造成的物理污染。
2.生物性污染
生物污染是指水体受细菌、藻类、霉菌、酵毒菌等微生物、病毒、热源、各种浮游生物、寄生虫及虫卵的污染。我国未经消毒的饮水中，常见细菌学指标超标，还时有肠道病原体检出。血吸虫病的发生率近几年来呈上升趋势，在疫源地区该病的发生与接触污染的水源有关。目前血吸虫病尚未得到控制的地区主要集中在长江流域的湖南、湖北、江西、安徽、江苏、四川、云南七省的110个县(市、区)，生活在病区的人口约6000万。
3.化学性污染
化学性污染是由化学物质导致的水质污染，它又可分为无机污染、有机污染和复合污染。无机污染如水中含有的汞、镉、铅等重金属和砷化物、氰化物、亚硝酸盐等无机物。有机污染如水中含有的农药、除草剂、合成洗涤剂、有机溶剂以及各种各样的有机物。
(1)无机污染20世纪中叶，水体受到工业废水、废气、废渣等的化学污染。该时期的化学污染主要是无机污染，如重金属铅(Pb)、汞(Hg)、铬(Cr)、镉(Cd)及氰化物、氟化物、砷化物、亚硝酸盐等无机物，它们能使人中毒、患病，如骨痛病、水俣病等。
(2)有机污染20世纪70年代以来，癌症的发病率越来越高，并成为人类最可怕的敌人，饮水和肿瘤病之间的关系引起了人们的注意。目前已知的有机化合物约700万种，常用的5万种化学品中95%以上是有机物，而且每年都有成千上万种新的有机化合物被人工合成制取，这些有机物在研制、生产和使用中都可能会进入人体，全世界在水中已检出2221种有机物。上海市“饮水与健康”协作组调查发现黄浦江水中含有约700种；据吉林省“松花江未知有机污染物探查”协作组报道，他们从松花江林江段水中测得有机物317种，而且这些有机物中大多数与人的肿瘤有关，严重威胁着人们的健康。我国湖泊环境研究首席科学家刘鸿亮院士说，国内外由水中检出的有机污染物已有2000余种，其中114种是具有或被疑有致癌、致畸、致突变的“三致物质”。
(3)复合污染1996年，《科学》上发表的论文指出，一些原本对受体雌激素效应微弱的狄氏剂、硫丹、毒杀芬等同时出现的复合效应，使其毒性效应提高1000倍。说明复合污染使低剂量有毒有害污染物对水质安全与人体健康的潜在风险不容忽视。目前，在几种污染物中，物理污染与生物污染在饮用水中已基本能得到控制，化学污染上升为主要矛盾；而在化学污染中，无机污染基本得到控制，有机污染上长升为主要矛盾，成为危及人类健康及安全的主要因素。
